L'oposició al finançament d'aquest projecte pels serveis de medi ambient, a causa de l'incompliment de la normativa comunitària, la seva inviabilitat econòmica i les greus conseqüències ambientals, dóna la raó a les moltes queixes comunitàries plantejades per Ecologistes en Acció i altres organitzacions contra el transvasament de l'Ebre i el PHN.

Aquesta posició de la D. G. de Medi Ambient es basa fonamentalment en les importants irregularitats que els experts dels sectors que s'oposen al transvasament de l'Ebre, entre ells Ecologistes en Acció, van posar en evidència durant la reunió tècnica d'experts celebrada a mitjan octubre de l'any passat a Brussel·les amb experts del Govern espanyol i del Govern d'Aragó davant la Comissió Europea. L'informe que va realitzar la Comissió Europea d'aquella reunió ja recollia l'existència de moltes incerteses i la falta d'estimacions i valoracions adequades en el projecte del transvasament, així com els riscs ambientals que comporta.

A més, com reconeix ara la Direcció General de Medi Ambient, es tracta d'un transvasament econòmicament inviable, ja que ni tan sols se n'han estimat tots els costs, se n'han sobreestimat els beneficis i no s'ha establert l'estructura dels preus de l'aigua per als diferents usos. Aquest últim punt és importantíssim, perquè segons la Comissió Europea, el cost del transvasament haurà de repercutir en el preu de l'aigua (cosa que podria suposar una significativa reducció de consum no estimada), mentre que el Govern espanyol promet als agricultors i als usuaris que no hauran de pagar més cara l'aigua transvasada.