La proposta de la Comissió per a la nova Directiva d'aigües subterrànies no aclareix els buits que hi ha en les Directives d'aigües subterrànies de 1980 i el Marc d'Aigües de l'any 2000. Tampoc no aporta una perspectiva clara per a la protecció d'aquests recursos. La contaminació d'aigües subterrànies té un impacte sobre els rius, els llacs i tot un seguit d'ecosistemes valuosos, incrementa el cost del tractament de l'aigua per a consum humà i n'amenaça la seguritat del subministrament. A més, recuperar una massa d'aigua subterrània contaminada pot costar desenes o fins i tot centenars d'anys.

D'una banda, segons Ecologistes en Acció, la nova Directiva ha d'assegurar una protecció clara de totes les masses d'aigua subterrànies cristal·lines que encara hi ha a Europa. Així, doncs, la Directiva ha d'incorporar un procediment clar d'identificació de substàncies químiques, les quals s'ha d'evitar que siguin introduïdes en aigües subterrànies i ha de posar en funcionament mesures que ho garanteixin, tant en l'àmbit europeu com en l'estatal. Una bona opció seria que la base d'aquest procediment fos el que ja està establert a la Directiva Marc d'Aigües per a substàncies químiques prioritàries.

D'altra banda, és necessari un sistema de protecció de les aigües subterrànies “no contaminades” que encara hi ha, motiu pel qual cal establir unes “zones de protecció d'aigües subterrànies” estrictament protegides d'alteracions químiques originades per activitats antropogèniques.

En un futur no gaire llunyà, el Parlament Europeu haurà de fer les seves aportacions a una nova Directiva d'aigües subterrànies futura. Amb aquesta finalitat, Ecologistes en Acció, juntament amb l'Oficina Europea de Medi Ambient (BEE), ha enviat propostes d'esmenes a europarlamentaris rellevants.