Ecologistas en Acción considera que la reducción e incluso erradicación de los mejillones cebra es una necesidad de primer orden para los técnicos de la central nuclear de Ascó, porque les resuelve de forma barata el grave problema de la afección de este molusco sobre sus sistemas de refrigeración. Pero su interés económico no debería estar por delante de la protección de la fauna acuática del bajo Ebro. La central de Ascó pretenden poner en marcha un método para la erradicación del mejillón cebra consistente en soltar directamente el agua de refrigeración de los dos reactores de tal manera que suba la temperatura del río a 38 grados durante media hora dos o tres veces al año. Los técnicos argumentan que, de esta forma, se acabará con el mejillón cebra, incapaz de reproducirse tras sufrir este choque térmico. Sin embargo, estas elevadas temperaturas no sólo afectarán al mejillón cebra sino a toda la fauna del río, y podría provocar una auténtica eliminación de especies en torno a la central.

Hay que tener en cuenta que la normativa sobre la temperatura del agua que pueden verter las instalaciones industriales en el río es muy estricta. En el caso de las centrales nucleares no se permite superar los treinta grados para evitar episodios de mortandad piscícola. Ascó tiene un sistema de enfriamiento por torres precisamente para conseguir bajar la temperatura del agua vertida. Las centrales nucleares que no tienen torres de enfriamiento y poseen, en cambio, sistemas de refrigeración abiertos, han tenido problemas en las épocas de sequía y han originado mortandad de peces y aves en los ríos. Tal es el caso de Zorita (Guadalajara) que ocasionó la muerte de un gran número de peces antes de que instalara un sistema de torres de enfriamiento en 1994 o de Almaraz (Cáceres). Los explotadores de ambas centrales fueron sancionados por estos hechos.

El mejillón cebra (Dreissena polymorpha) es una especie invasora que aparece en el cauce bajo del río Ebro y que está alcanzando dimensiones de auténtica plaga. Procede del Mediterráneo oriental, y tiene sus hábitats habituales en los mares Caspio, Negro y Aral. Pero, además de acabar con la fauna autóctona del bajo Ebro, dicha plaga también genera perjuicios económicos al tapar los canales de riego, desagües, conducciones hidroeléctricas, acequias, azudes y presas. Por si esto fuera poco, los dos reactores de la central nuclear de Ascó sufren la amenaza de esta especie que podría taponar las captaciones de agua de refrigeración. Para Ecologistas en Acción este es un problema muy serio porque la refrigeración es fundamental para mantener los dos reactores en funcionamiento y su interrupción podría devenir en un accidente severo.